Fasilitas Penunjang yang dimiliki oleh FPIK antara lain
1. Gedung perkuliahan dan laboratorium dasar berlantai tiga, sebagai pusat kegiatan pendidikan.
2. Gedung laboratorium untuk tempat praktikum dan penelitian mahasiswa dan staf pengajar.
3. Kapal latih yang berukuran panjang 16 meter.
4. Kolam Percobaan Balai Benih Ikan Air Tawar (BBAT) Kapar seluas 5 Ha dan Pusat Pengembangan Budidaya Air Tawar Lubuk Minturun seluas 7.9 Ha.
5. Work shop untuk pengembangan teknologi Kelautan, Ilmu Kelautan dan Teknologi Pascapanen dan lain-lain).
6. Pusat Konservasi Plasma Nutfah Ikan Bilis yang berlokasi di Danau Singkarak.
7. Labor Kewirausahaan "Blue Smart"
8. Laboratorium Budidaya Laut
